人这一辈子，机遇各不相同，因缘也各有差异。无论是一帆风顺，还是跌宕起伏，亦或是平淡普通，都是自己的命运。那些走过的路、偶遇的人、相逢的缘、别离的痛，都是独一无二的经历。无论身处何种境地，都不要抱怨世态炎凉，不能放弃做人底线，不必嫉恨他人所得。

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。